办理股票质押回购违约处置协议转让，根据《关于通过协议转让方式进行股票质押式回购交易违约处置相关事项的通知》（以下简称《违约处置通知》）第六条，在材料上，除需要准备一般协议转让办理材料，还需要准备《违约处置通知》规定的材料，包括转让双方及质权人签署的三方协议、三方承诺函、证券公司出具的有关说明和承诺（即《违约处置（协议转让）报告》）等。